先週から、新しい実験を先生に任されました。それは先生の研究室と附属病院の研究プロジェクトの一環で1000個ぐらいの検体の細菌を同定するというプロジェクトです。そう私が任されたの仕事は菌種同定です。先週からほぼ毎日ひっきりなしに、附属病院から、検体の細菌がBAP(Blood Agar Plate)でうちの研究室に届けれています。これから附属病院から送られてきた千個ぐらいの検体の細菌の菌種同定をすることです大体なワークフローはこうです。
1.細菌を超音波処理して細菌の細胞を破砕する。ソニケーション。
2.細菌の16sリボソームRNAの塩基配列をPCRによって増幅させる。
３.PCR産物をバイオテクノロジー会社に送ってシーケンシングを委託する。
４.シーケンシングのデータをもとに塩基配列を調べる
５.米国NCBI(National Center of Biotechnology Information)のデータベースにアクセスして調べた塩基配列を細菌の16sリボソームRNA塩基配列のデータベースと照合する。それでどの細菌なのかがわかる。
６.菌種同定の結果を実験ノートとレポートに書く。
ほぼ毎日十何個もの検体の細菌が送られてきています。写真はその一部です。少し大変ですが、頑張るしかありません😊